TUBERIN-Phosphorylation site prediction

目前已知AKT蛋白質會藉磷酸化作用 (phosphorylation) 調控HAMARTIN/
TUBERIN蛋白質複合體 (protein complex) 的活性。在此以Group-based Prediction System (GPS 2.1) 分析TUBERIN的胺基酸序列中，可能被AKT磷酸化的位置。結果顯示TUBERIN的Ser939、Ser1130與Thr1462很可能會受AKT磷酸化。其中Ser939與Thr1462已被證實會受AKT磷酸化，且TUBERIN的活性將因此而被抑制。

HAMARTIN-Phosphorylation site prediction

目前已知AKT蛋白質會藉磷酸化作用 (phosphorylation) 調控HAMARTIN/

TUBERIN蛋白質複合體 (protein complex) 的活性。在此以Group-based Prediction System (GPS 2.1) 分析HAMARTIN的胺基酸序列中，可能被AKT磷酸化的位置。結果顯示HAMARTIN蛋白質無明顯會被AKT磷酸化的可能位置，由此可推測AKT主要調控的對象可能是TUBERIN蛋白質。

TUBERIN-Pattern and profile search

藉由MotifScan (http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)分析TUBERIN的胺基酸序列，推測TUBERIN可能含有三種profile。由N端 (N-terminus) 至C端 (C-terminus) 分別為Phosphatase tensin-type domain profile、HEAT repeat profile與Rap GTPase activating proteins domain profile。其中前兩者位於接近N端的區域，後者則位於接近C端的區域。藉由GTPase activating domain，TUBERIN可活化下游蛋白質─Rheb─的GTPase活性，使其將攜帶的GTP分解成GDP，成為非活化態 (inactive)。

HAMARTIN-Pattern and profile search

藉由MotifScan (http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan)分析HAMARTIN的胺基酸序列，推測HAMARTIN可能含有四種profile。由N端 (N-terminus) 至C端 (C-terminus) 分別為Bipartite nuclear localization signal profile、Glutamine-rich region profile、Nebulin repeat profile與Serine-rich region profile。四種profile皆分佈於蛋白質中央至C端的區域。

TUBERIN-Leucine zipper prediction

利用2ZIP (http://2zip.molgen.mpg.de/index.html) 分析TUBERIN的胺基酸序列，搭配COILS (http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html) 的分析結果，推測TUBERIN接近N端 (N-terminus) 的區域可能具有包含白胺酸 (leucine) 的α螺旋 (α-helix)，但不足以形成白胺酸拉鏈 (leucine zipper) 的模式 (motif)。推測此結構乃是用於與HAMARTIN上包含白胺酸的α螺旋結合，形成白胺酸拉鏈的模式，藉此使HAMARTIN與TUBERIN形成蛋白質複合體 (protein complex)。

HAMARTIN-Leucine zipper prediction

利用2ZIP (http://2zip.molgen.mpg.de/index.html) 分析HAMARTIN的胺基酸序列，搭配COILS (http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html) 的分析結果，推測HAMARTIN接近C端 (C-terminus) 的區域可能具有包含白胺酸 (leucine) 的α螺旋 (α-helix)，但不足以形成白胺酸拉鏈 (leucine zipper) 的模式 (motif)。推測此結構乃是用於與TUBERIN上包含白胺酸的α螺旋結合，形成白胺酸拉鏈的模式，藉此使HAMARTIN與TUBERIN形成蛋白質複合體 (protein complex)。

TUBERIN-Coiled coil prediction

以COILS (http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html) 分析TUBERIN的胺基酸序列，推測接近N端 (N-terminus) 與中央的區域有α螺旋 (α-helix) 的二級結構，且可能組成coiled-coil的模式。推測可能用於與HAMARTIN結合，形成蛋白質複合體 (protein complex)。